La realidad es esa, los SATA de la placa base también pertenecen a una controladora conectada a un bus PCIe, es más, todos los dispositivos lo están, cambiará el bus ya sea PCIe, PCI e incluso ISA, ...

Ante todo, una observación; la placa que has elegido tiene una ranura PCI, y una ranura mini PCIe, con lo que no creo que puedas pinchar ninguna controladora PCIe Si después de esta aclaración decides ...